Mantarların ekolojik anlamda en önemli görevleri saprofit beslenen türlerin madde döngüsünde üstlendikleri roldür. Bu görevi yine saprofit olarak yaşayan çeşitli bakteri ve arkea türleriyle birlikte yerine getirir. Çeşitli bitkilerin köklerinde oluşturdukları simbiyotik yaşam birliktelikleri de yeryüzünde canlılığın devam ettirilebilmesi adına mantarların üstlendikleri önemli görevlerden biridir.Peynir, alkol, çeşitli ilaçlar ve ekmek yapımında mantarlar kullanılır. Hamura katılan maya mantarları çeşitli tepkimelerle CO2 çıkararak hamurun kabarmasını sağlarlar. Şapkalı mantarların kültürü yapılarak ekonomik anlamda kazanç sağlar.
Zehirli olmayan şapkalı mantarlar son derece zengin içeriğe sahip olan bir besin maddesidir. Antibiyotikler, vitamin ilaçları ve bazı hormonlar mantarlardan elde edilir. Özellikle penisilin mantarından elde edilen antibiyotik çok tesirlidir ve akciğer zarı iltihabı, çıban, ateşli hastalıklar, böbrek iltihabı, menenjit gibi hastalıkların tedavisinde kullanılır. Ancak doğada zehirli mantarlarında olduğunu unutmamak gerekir.
Bazı mantarların ürettiği metabolik son ürünlerin zehirleyici etkisi vardır. Bazı mantarlardan elde edilen etken maddeler, bakteriyel hastalıkların tedavisinde ve tarımsal mücadelede ilaç ve hatta biyolojik silah yapımında kullanılmaktadır